В XXVI веке случился очередной глобальный катаклизм - 99% населения Земли было уничтожено страшным вирусом.
Оставшиеся на планете люди объединились во враждующие между собой государства: Монику, где царит анархия, и Бренну, которой правит ученый-диктатор Тревор Гудчайлд, титан в человеческом образе, манипулятор и кукловод.
Ему противостоит Эон Флакс, бесстрашная супергероиня-бунтарь из Моники, облаченная в почти фетишистский, развязный костюм.
В изолированном футуристическом мире, полном невероятных технологий, странных законов и люминесцентных красок, развертываются захватывающие истории противостояния беспредела тоталитаризму.